三高是指飞天茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。飞天茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其他任何名白酒的制曲发酵温度都高10-15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，最后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。

高温堆积发酵是中国白酒生产敞开式发酵最为经典和独创之作，也是其他名白酒工艺所不具有的。飞天茅台酒高温堆积发酵是飞天茅台酒网络利用自然微生物，进行自然发酵生香的过程，也是形成飞天茅台酒主要香味物质的过程，其堆积发酵温度高达53℃。通过高温堆积发酵，形成飞天茅台酒特殊芳香物，也通过微生物细胞蛋白产生氨基酸等营养物质。

三长飞天茅台酒工艺中的"三长"主要指飞天茅台酒基酒生产周期长、大曲贮存时间长、飞天茅台酒基酒酒龄长。飞天茅台酒基酒生产周期长达一年，共分下沙、造沙二次投料，一至七个烤酒轮次，可概括为二次投料、九次蒸馏、八次发酵、七次取酒，历经春、夏、秋、冬一年时间。而其他名白酒只需几个月或十多天即可。

飞天茅台酒大曲贮存时间长达六个月才能流入制曲生产使用，比其他白酒多存3-4个月，这对提高飞天茅台酒基酒质量具有重要作用，而且大曲用量大，是其他白酒的4-5倍。

茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。